Né en 1963 à Fribourg, il obtient son baccalauréat en 1982. Après quoi il commence ses études professionnelles au Conservatoire de Fribourg, dans la classe de Frédéric Rapin, et obtient en 1985 son diplôme d'enseignement de clarinette.
Il est ensuite admis dans la classe de Thomas Friedli au Conservatoire supérieur de Genève et obtient en 1988 son diplôme de virtuosité. Il a également bénéficié, entre autres, des conseils de W. Boyekens, K. Leister ou G. de Peyer.
Patrick Naef enseigne la clarinette au Conservatoire de Fribourg depuis 1982. Il a donné des récitals de musique de chambre en Suisse et au Japon (Tokyo et Hiroshima) et a participé à différents enregistrements. Il collabore également régulièrement aux formations orchestrales de la région.
Patrick Naef a également suivi des cours de chant au Conservatoire de Fribourg. Depuis 1992, il dirige le Chœur Mixte de St-Maurice (Fribourg). À l'automne 1997, il a repris la direction de la Maîtrise de Villars-sur-Glâne, et en 1999, le Choeur Oeucuménique de Fribourg.
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